Недостатки
1. Конечности трахейнодышащих – одноветвисты, в отличие от двуветвистых конечностей трилобитов и ракообразных.
2. Органами выделения являются мальпигиевы сосуды. Это трубчатые слепозаканчивающиеся выросты на границе средней (энтодермальной) и задней (эктодермальной) кишки. Большинство специалистов считают, что это органы эктодермального происхождения. В отличие от целомодуктов других членистоногих, мальпигиевы сосуды выводят экскреты не наружу, а в кишку. При прохождении экскретов по кишечнику, содержащаяся в них вода всасывается ректальными железами задней кишки. В результате наружу выделяются не жидкие, а твердые экскреты (мочевая кислота). Это является важной адаптацией к наземному образу жизни. Независимо от Tracheata подобные органы имеются у паукообразных и некоторых сухопутных ракообразных. Однако в отличие от мальпигиевых сосудов Tracheata, выделительные органы этих животных открываются в среднюю кишку и имеют энтодермальное происхождение.
3. Имеется трахейная система, представляющая собой систему проходящих внутри тела трубочек эктодермального происхождения. Наружу трахейная система открывается дыхальцами, или стигмами. Трахеи насекомых и многоножек это не видоизмененные конечности древних членистоногих, а это впячивания гиподермы. Поэтому трахейные жабры поденок и веснянок следует расценивать как вторично приобретенное приспособление к водному дыханию наземных животных, вторично перешедших к жизни в воде. Наличие трахейной системы не является уникальной особенностью Tracheata, т.к. возникает в процессе эволюции несколько раз (паукообразные, сухопутные раки).
Таким образом, исходными предками Tracheata являются примитивные кольчатые черви, а более близкими непосредственными предками, по-видимому, являются древние ракообразные животные.