В своих многочисленных печатных работах (всех их более 170) Паллас выступет как путешественник, зоолог, ботаник, палеонтолог, минералог, геолог, топограф, географ, медик, этнолог, археолог, филолог, даже сельский хозяин и технолог. Несмотря на такое разнообразие специальностей, он не был поверхностным учёным, а был настоящим энциклопедистом.

В области ботаники, помимо труда «Флора России», Палласу принадлежат монографии об астрагалах, солянках и других растениях.

Насколько серьёзны и глубоки были его понятия по зоологии, можно заключить из того факта, что он во многом опередил учёных того времени на целое столетие. Достаточно назвать следующие примеры. Уже в 1766 году Паллас указал, что строгое разграничение животных и растений невозможно и выделил зоофитов из типа червей; в 1772 году он высказался за возможность происхождения нескольких близких между собой видов от общего родоначальника; в 1780 году Паллас первый указал, что чрезвычайная изменчивость некоторых животных, например собаки, обусловливается происхождением от нескольких отдельных видов. Однако, несмотря на развитие идей исторического развития органического мира, Паллас к концу жизни стал признавать постоянство и неизменяемость видов.

При описании животных Паллас применял метод точных измерений их размеров (1766) и обращал внимание на их географическое распространение (1767). Вышедшее на латинском языке сочинение Палласа «Zoographia rosso-asiatica» является первым систематическим описанием фауны России и началом всей российской зоологической науки, хотя этот капитальный труд до сих пор не переведён на русский язык.

Палласом было описано 425 видов птиц, 240 видов рыб, 151 вид млекопитающих, 21 вид гельминтов, а также много видов земноводных, рептилий, насекомых и растений.[6]

По геологии у Палласа впервые можно найти указание на последовательность геологических наслоений (1777). Во время поездок по юго-восточным степям, он отметил следы прежнего высшего стояния уровня Каспийского моря и довольно точно определил часть его древних берегов.