Уже во втором томе "Начал геологии" Лайелл отрицает эволюцию ввиду разрозненности и противоречивости геологических данных (W. Irvine). Но книга изобиловала указаниями на естественный отбор и приспособление к окружающей среде, особенно на геологическую эволюцию. Лайелл, а также научный и богословский авторитет Кювье, который допускал определенную преемственность растений и животных на протяжении земной истории и объяснявший эту преемственность катаклизмами и светопреставлениями, сметающих все формы жизни и новыми "творческими актами сотворения жизни" сыграли определенную роль. Но молодой Дарвин смотрел на доктрину Кювье с критическим духом Ляйелла. Скорее всего, он был слишком консервативен, чтобы сразу стряхнуть с себя любое устаревшее влияние; поэтому можно сказать, что на его будущую книгу "Происхождение видов наложили отпечаток не только Ляйелл с Ламарком, но и Кювье с Книгой Бытия.

После обнаружения рядом с Байи окаменелостей гигантского мегатерия, перемешенного с ныне живущими морскими раковинами, Чарльз усомнился в том, что "катастрофы" Кювье не вяжутся с фактами и не сметают все дочиста.

Путешествуя по материку, Чарльз замечал, что в сходных условиях соседствуют родственные виды. По теории Кювье это ничего не означало, зато по теории эволюции получалось, что единый тип распространился по большому пространству и с течением времени изменился, приноровляясь к различным условиям окружающей среды.

Судя по "дневникам .", Дарвин был озадачен тем, что западная и восточная стороны Анд растительность была существенно несхожа, хотя почва и климат были приблизительно одинаковы; а также сходство между видами существующими и видами, принадлежащими к предыдущей геологической эпохе было настолько убедительно, что может предполагать борьбу за существование и вымирание.

Галапагосский архипелаг был путешествием в биологическое прошлое. Ландшафт наводил на мысли об эволюции, фауна и флора островов просто требовали её. Особенности распространения видов в здешних местах делали теорию "творческих актов" смехотворной. Каждый из островов изобиловал видами и разновидностями, присущими именно ему, но родственные виды и разновидности как на архипелаге, так и по соседству, на материке, отличались друг от друга в зависимости от величины разделяющих их естественных преград. Несомненно, что растения и животные этих островов были занесены с Южноамериканского материка. Близость их была налицо, но только близость. Естественно напрашивается вывод, что при географическом разъединении у потомков общего прародителя различия усугубляются путем эволюции. Еще не покинув островов, Дарвин заметил, что его данные "подрывают идею устойчивости видов". Отныне этот вопрос "преследовал его неотвязно". И хотя главные его достижения относились к области геологии: смелая, принципиально новая история Южно-Американского континента и не менее смелая теория роста коралловых рифов и островов. А важные идеи об эволюции видов находились в зачатке и были спрятаны в глубинах его сознания, и они даже в XIX веке оставались великой ересью.

Дарвин был не такой человек, чтобы из-за ереси обречь себя на скандальную известность, пока не проникся убеждением, что скандальная известность, как и сама ересь, неизбежна. И даже после возвращения из тропиков, он по-прежнему мыслил о создателе и читал Библию. Но он мало-помалу углублялся в геологические научные изыскания. Неприметные сдвиги в его представлениях о видах сопровождались неприметными сдвигами в представлениями о христианстве. Размышлять о эволюции - значило задумываться о сотворении мира и его неизменности. Задумываться об этике, религии, о Библии, природе и Боге. И о том, что подумают положительные, серьезные ученые, а также его отец и ученые родственники. И хотя он получал положительные отклики со стороны Генсло, Седжвика и друзей, что вдохновляло его на новые порывы, в его психике боролись старое и новое, учение о неизменности и эволюционные идеи, новаторская гипотеза и консервативные теологические мысли, в которые он как священник искренне верил. Кто знает, может быть это и стало причиной неврастении депрессии, и ипохондрического состояния, преследующего Чарльза через всю его жизнь.