В 1724 г. была создана Российская Академия наук, а в 1775 г. по инициативе М. В. Ломоносова (1711 —1765) был открыт Московский университет. Курс анатомии в университете при Академии наук читал на русском языке ученик М. В. Ломоносова — анатом, академик А. П. Протасов (1724—1796), автор многих русских анатомических терминов, который выполнил ряд работ о телосложении человека, строении и функциях желудка.

Первый русский профессор Московского университета С. Г. Зыбелин (1735— 1802) читал лекции по анатомии на русском языке, написал книгу «Слово о сложениях тела человеческого и о способах, как оные предохранять от болезней». Он высказал мысль об общности происхождения животных и человека.

В 1783 г. профессор Н. М. Амбо-дик-Максимович (1744—1812) опубликовал «Анатомико-физиологический словарь» на русском, латинском и французском языках, а в 1788 г. А. М. Шумлянский (1748—1795) издал труд «О строении почек», в котором описал открытую им капсулу клубочка и мочевые канальцы.

В XIX в. были широко известны московские анатомы Е. О. Мухин (1766—1850), выпустивший «Курс анатомии» (1812); И. М. Соколов (1816— 1872), издавший «Атлас анатомо-хирургических таблиц». Д. Н. Зернов (1843— 1917), в течение многих лет возглавлявший кафедру в Московском университете, написал руководство по описательной анатомии человека, которое выдержало 14 изданий. Д. Н. Зернов изучал органы чувств, изменчивость борозд и извилин полушарий большого мозга, брыжеечную часть тонкой кишки.

П. А. Загорский (1764—1846) — основатель Петербургской анатомической школы — изучал сравнительную анатомию, высказал мнение о связи между структурой и функцией, автор первого русского оригинального учебника по анатомии «Сокращенная анатомия, или Руководство к познанию строения человеческого тела». Ученик П. А. Загорского —И. В. Буяльский (1789— 1866) опубликовал «Анатомо-хирургические таблицы», учебник по анатомии и первым в России использовал в анатомии коррозионный метод.

Н. И. Пирогов (1810—1881) разработал оригинальный метод исследования тела человека на распилах замороженных трупов. Он создатель новой отрасли науки — топографической анатомии и учения о взаимоотношениях главных кровеносных сосудов и фасций, автор «Полного курса прикладной анатомии», атласа «Топографическая анатомия по распилам через замороженные трупы».

Ученик и последователь Н. И. Пирогова В. Л. Грубер (1814—1890) создал в Петербурге лучший анатомический музей, коренным образом реорганизовал преподавание анатомии. Его работы посвящены главным образом систематической и сравнительной анатомии.

П. Ф. Лесгафт (1837—1909), профессор Медико-хирургической академии в Петербурге, затем Казанского и Петербургского университетов, по праву считается основоположником функциональной анатомии и теории физического образования. Он автор труда «Основы теоретической анатомии», выдвинул и обосновал положение о возможности направленного изменения структуры человеческого организма путем воздействия на его функции, в первую очередь с помощью физических упражнений. Работы П. Ф. Лесгафта посвящены архитектуре костей, строению и функциям суставов и мышц, анатомии прямой кишки и промежности, общим закономерностям хода и ветвления кровеносных сосудов, а также воспитанию детей дошкольного возраста. П. Ф. Лесгафт является организатором в Петербурге высших курсов подготовки преподавателей физвоспитания (1896).

Многие открытия в области анатомии были сделаны в Киеве. В. А. Бец (1834—1894) изучал строение мозгового вещества надпочечников, коры головного мозга и описал гигантопирамидальные невроциты. Ученик Д. Н. Зернова М. А. Тихомиров (1848—1902) —автор монографии «Варианты артерий и вен» (1900); Ф. А. Стефанис (1865—1917) изучал лимфатическую систему тела человека.

После октября 1917 г. возникли новые медицинские институты, были организованы кафедры анатомии, морфологические научно-исследовательские институты, успешно разрабатывались новые методы исследований.

Отечественные ученые успешно развивают функциональное и экспериментальное направления в анатомии. Основатель Ленинградской школы анатомов В. Н. Тонков (1872—1954) в течение многих лет возглавлял кафедру анатомии Военно-медицинской академии. Он проводил глубокие исследования в области экспериментальной анатомии, изучал коллатеральное кровообращение, пластичность кровеносных сосудов при различных условиях существования организма. В 1896 г. В. Н. Тонкое впервые начал рентгеноанатомические исследования скелета. Он автор одного из лучших учебников, который выдержал шесть изданий. Ученик В. Н. Тонкова Б. А. Долго-Сабуров (1900—1960) изучал коллатеральное кровообращение и нейрососудистые отношения в центральной нервной системе, морфологию блуждающего нерва и афферентную иннервацию вен. Широко известны его книги «Анастомозы и пути окольного кровообращения у человека» (1956), «Иннервация вен» (1959) и др. В. Н. Шевкуненко (1872—1952) разработал учение об индивидуальной изменчивости и крайних формах строения тела человека и его органов, о типах строения органов, ветвления сосудов и нервов. Большая роль в развитии отечественной анатомии принадлежит харьковскому анатому В. П. Воробьеву (1876— 1937). Широкое признание и распространение получили разработанные им методы макро- и микроскопического исследования строения вегетативной нервной системы, нервов сердца и желудка. В. П. Воробьев создал пятитомный «Атлас анатомии человека».