В задней части головы находятся жабры, которые служат для дыхания и защищены подвижной жаберной крышкой. В основании каждой из 4 пар (по 4 с каждой стороны) жабр лежит костяная жаберная дуга, на внутренней части которой имеются беловатые жаберные тычинки, образующие вместе с ротовой полостью своеобразный фильтр, процеживающий пищу. Ярко-красные жаберные лепестки, пропитанные кровью кожные отростки, сидят вдоль заднего края жаберной дуги и в них происходит газообмен.

Сердце находится внизу передней части тела и состоит из трех отделов: венозного синуса, где собирается венозная кровь, поступающая от тела, предсердия и желудочка. Сокращаясь, желудочек накачивает кровь в аорту, откуда она через 4 пары жаберных артерий попадает в многочисленные капиляры жаберных лепестков, где обогащается кислородом, содержащимся в омывающей лепестки свежей воде и отдает углекислый газ. Затем кровь направляется в спинную аорту и распределяется по всему телу.

Некоторые рыбы могут дышать атмосферным воздухом как дополнительно, так и только им. Различные виды рыб осуществляют это с помощью кожи, слепого выроста желудка, жаберного лабиринта, мешковидного образования в жаберной полости, видоизмененного плавательного пузыря и др. образований.

Пищеварительный тракт состоит из ротового отверстия, ротовой полости, глоточной полости, пищевода, желудка (отсутствует у карповых), кишечника, прямой кишки и придаточных органов, участвующих в переваривании пищи. В ротовой полости, в большинстве случаев, находятся зубы, которые после изнашивания часто обновляются. Глоточная полость прорезана жаберными щелями, а жаберные тычинки препятствуют выходу через них пищи наружу. Затем следует короткий и узкий пищевод, переходящий в желудок, который соединен с кишечником. У плотоядных рыб он короткий, у растительноядных - длинный и спирально свернут. Во всем пищеварительном тракте находятся слизистые железы. Рядом с кишечником расположены крупная, богатая жиром и витаминами печень и поджелудочная железа. Эти три органа переваривают пищу, т.е. разлагают ее на простейшие составляющие, а затем усваивают. Непереваренные остатки направляются в прямую кишку и выходят наружу через анальное отверстие.

Почки, служащие для выделения отходов, расположены близко к позвоночному столбу и соединяются в задней части. Мочеточники также соединившись, впадают в мочевой пузырь, откуда отходит проток, выходящий наружу рядом с половым отверстием.

Большинство видов рыб имеют плавательный пузырь, наполненный смесью газов пустотелый орган, возникший в процессе развития эмбриона из стенки кишечника. У одних видов рыб связь между ними сохраняется, у других ликвидируется. Плавательный пузырь обеспечивает равновесное положение тела в воде и рыба, регулируя количество газов в нем может всплывать, погружаться или парить в воде. Мальки некоторых видов рыб вынуждены, чтобы взять воздух и заполнить им плавательный пузырь подняться к поверхности воды как только начнут плавать. Если уровень воды высок, то они не смогут это сделать и остаются калеками.

Рыба обладает относительно небольшим, но довольно хорошо развитым мозгом, от которого отходят нервы, в том числе: обонятельные, зрительные, акустический и вкусовой. Спинной мозг служит, главным образом, для приема сигналов, идущих от головного мозга.

Половые железы представляют собой сужающиеся назад мешки - парные семенники у самца и либо парные, либо одиночные яичники у самки, в которых происходит созревание сперматозоидов и, соответственно, икры. В то время как у самца почти всегда имеется обилие сперматозоидов, созревание икры у самки происходит в определенные промежутки времени. Семенники и яичники через семяпроводы и яйцеводы соединены с половым отверстием. У самцов живородящих рыб несколько лучей анального плавника преобразованы в копулятивный орган, с помощью которого он оплодотворяет самку. У самок, часто, на яйцеводе имеется мешковидное образование, в котором хранится сперма, что дает ей возможность после одного оплодотворения метать несколько раз.

Икра состоит из яйцеклетки и желтка, заключенных в защитную оболочку с маленьким отверстием для проникновения сперматозоида. У некоторых видов рыб эта оболочка имеет липкий покров, позволяющий икре прикрепляться к субстрату. Икра у разных видов рыб отличается по форме, размеру, цвету, а также по количеству. Рыбы икромечущие в открытой воде и оставляющие икру без присмотра мечут десятки тысяч икринок, а ухаживающие за икрой и потомством - значительно меньше.