Из многих проблем и задач в области систематики микроорганизмов мы останавливаемся на терминологии (номенклатуре) преимущественно медицински значимых микромицетов и вызываемых ими заболеваний в рамках Международного Кода ботанической номенклатуры.

В Код включены 6 принципов, 62 статьи - предписания, не мандатные рекомендации и различные приложения. Код позволяет предлагать для любого таксона многие корректные названия, поскольку они могут быть использованы при его дальнейшем включении в соответствующую классификационную схему.

После принятия решения по таксономии гриба в Коде предусмотрены правила выработки того названия, которое должно быть применено на практике. Каждый таксон в таких позиции и ранге может иметь только одно номенклатурно корректное название, при выборе которого фильтром выступают 5 следующих действий:

1. признание публикации эффективной, если нет необходимости в дальнейшем обсуждении названий;

2. считать публикацию как имеющую силу; при этом также нет необходимости в дальнейшем обсуждении названий;

3. проведение типификации; названия могут быть исключены в силу их принадлежности другим грибам (как корректные названия или синонимы);

4. оценка законности названий, внесенных в список как синонимы;

5. оценка приоритетности названий, внесенных в список в качестве синонимов.

Чтобы признать публикацию о названиях эффективной, необходимо опубликовать её в журнале, книге и довести до читателей или, по крайней мере, до ботанических учреждений в порядке обмена, продажи или презėнта.

Чтобы признать публикацию действенной, названия вновь описываемых таксонов одновременно должны отвечать следующим требованиям: иметь корректную форму, быть описанными на латинском языке (их диагнозы), быть принятыми самими авторами и соответствовать любым подходящим специальным постановлениям, содержащимся в Коде; иметь чёткое определение ранга (категории) с указанием образца и места его консервации, быть зарегистрированным. Заменённые названия должны быть сопровождены полными библиографическими деталями с указанием места публикации и цитированием заменённого названия или базионима (базинима, базонима), то есть имя- или эпитетнесущего сионима, на котором основывается новый перенос или новая комбинация. Не опубликованные названия (nomen invalidum) не обсуждаются.

Связь каждого названия с номенклатурным типом является основным принципом стабильности в применении названий. Все ранги - от семейства и ниже безусловно базируются на одной коллекции; например, Cryptococcaceae - на Cryptococcus - на C. neoformans в одной коллекции.

Типовые образцы культур должны сохраняться в метаболически не активном состоянии (например, лиофильно-высушенными, в жидком азоте) или в виде микропрепаратов; активно растущие культуры не допускаются. Если образец не может быть предохранён, то допустимо его изображение или описание. В случае, когда типовая коллекция оказывается смешанной, то одна часть её должна быть отобрана в качестве лектотипа (то есть формы, отобранной в последней работе с оригинальным материалом, в котором не был обнаружен голотип; голотип - это одиночный элемент, использованный автором в качестве базового для выбора названия, например, красный цвет у представителей рода Rhodotorula).

Действительно опубликованные названия, не соответствующие определённым положениям Кода, являются незаконными (nomen illegitimate) и они должны быть отвергнуты; примеры: а) название уже было использовано ранее, б) названия гомонимичны, когда слова сходны по звучанию, но различны по значению (сравнить английские bare - голый и bear - медведь [‘bεə] и [bɛə] или латинские annus - год и anus - кольцо).

Приоритетность публикации определяет корректное название таксона. Корректное название вида (то есть название в соответствии с требованиями Кода) - это есть комбинация самого раннего лигитимного эпитета в том же ранге в соответствии с родовым названием. Это можно изменить, если генерическое (родовое) положение или ранг изменяется, то есть вид может иметь больше, чем одно корректное название согласно различным классификациям. Грибы с плеоморфным состоянием в их жизненном цикле приобретают отдельные названия. Корректное название голоморфы есть название телеоморфы.

Таковы в кратком изложении рамки Международного Кода ботанической номенклатуры. Принятые ранги в номенклатурной иерархии представляются следующим образом [5-7]: